Trinkert studierte Kunstgeschichte, Nordische Philologie, Europäische Ethnologie/Volkskunde und Öffentliches Recht an der Christian-Albrechts-Universität (CAU) in Kiel und an der Universitetet i Oslo. An der CAU Kiel promovierte sie 2012 mit einer Dissertation über „Flügelretabel in Mecklenburg zwischen 1480 und 1540. Bestand, Verbreitung und Werkstattzusammenhänge“. 2015 kam sie als wissenschaftliche Mitarbeiterin an das Institut für Kunstgeschichte der Heinrich-Heine-Universität, seit 2019 war sie Juniorprofessorin für Kunst des Mittelalters . Trinkert habilitierte sich 2024 mit einer Arbeit mit dem Titel „Aus der zweiten Reihe. Zum Wechselverhältnis von Kunst und gesellschaftlichen Etablierungsstrategien von Neuankömmlingen im Norden.“ Daran schloss eine Vertretungsprofessur am Lehrstuhl Kunstgeschichte mit dem Schwerpunkt Mittelalter an der Universität Greifswald an.

Julia Trinkerts Forschungsschwerpunkte liegen in den Bildkünsten des Mittelalters und der Frühen Neuzeit in Nordeuropa und Ostmitteleuropa, insbesondere Holzskulptur und Tafelmalerei, in der materiellen Kultur und Architektur des 18. Jahrhunderts, der Digitalen Kunstgeschichte, dem Kulturerbe und im Bereich Kunstgeschichte und Bildung.